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南京是中国重要的科技研发基地之一，科技综合实力位居全国城市第三。南京地区有各类科学研究与技术开发机构540多家，国家和省级重点实验室31家。
南京是中国高等教育四大集中地之一。南京地区现有各类高校60多所，普通高等院校38所，在校大学生超过50万人。其中南京大学、东南大学、南京航空航天大学、南京理工大学、河海大学、南京师范大学等一批高校被国家教育部列入全国100所重点大学。
南京地区拥有近60万专业技术人员，其中中高级科技人员约13万人。在南京的“中国科学院”和“中国工程院”院士有80人。国家授权授予博士后科研流动站130多个。