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矿产资源　
境内已知矿种40多种，包括铁、锰、铜、铅、锌、锶、硫铁、白云石、石膏、石灰石、粘土等，不仅在江苏省位居前列，而且在全国省会城市引人注目。其中锶储量位居东南亚之首。
物产资源
南京是中国重要的农业地区和商品粮基地之一。境内低山、丘陵面积较大，主要的经济作物有油菜、棉花、蚕茧、麻类、茶叶、竹木、水果、药材等。近年来，经过产业结构调整，蔬菜、玉米和饲料作物大幅度增长。由于长江两岸水网交织，湖泊密布，水域广阔，水质肥沃，因此，也是中国重要的淡水渔业基地之一。
地下水、地热资源　
境内仙鹤门的一处地下水源初步查明可采水资源4万吨/日左右，区域面积达18平方公里，是理想的备用水源。天然热水露头(温泉)较为丰富，已知的有江宁汤山，浦口汤泉、琥珀泉、响水泉、珍珠泉，水温22℃～60℃，属低中温热水，矿化度1克～2克/升，为硫酸重碳型水或硫酸盐型水。
生物资源
南京地处北亚热带，现代植物资源丰富、植物种类繁多。常见麻栎、栓皮栎、枫香、化香树、糯米椴等落叶阔叶林以及青冈、苦槠、冬青等常绿阔叶树种近50种；菰、何首乌等野生药用植物40种。野生动物资源丰富。